Фильм «Две королевы» описывает реальные исторические события, происходившие на территории современной Великобритании в XVI веке. После смерти своего мужа – французского короля на родину возвращается королева Шотландии Мария. Хотя престол был её с момента рождения, она никогда не правила здесь. К тому же большой проблемой для местного сообщества, преимущественно протестантского, является католическое вероисповедание Марии.
Но куда большая проблема кроется в Елизавете I – нынешней королеве Англии. Та не замужем и бездетна, а значит, понимает, что кузина попробует получить и английский престол, на который формально имеет право. Взаимное недоверие и интриги приводят женщин на порог войны. Не спокойно у них обеих и в тылу. Особенно сильное давление оказывается на Марию. Она не собирается менять веру и заключать союз по расчёту, а значит, найти точки соприкосновения с некоторыми земляками будет непросто. С каждым новым выпадов в адрес друг друга кузины приближаются к развязке, которая едва ли устроит хоть одну из них.