Нео, которому однажды удалось победить искусственный интеллект и спасти человечество от постоянного пребывания в мире иллюзий, снова возвращается. Машины оживляют его и Тринити, но начисто стирают им воспоминания, оставляя жить в перезагруженной Матрице. Томас Андерсон, который разработал три игры по миру Матрицы, отказывается создавать четвертую часть. Но компания давит на него, уверяя, что создаст проект с ним или без него. Нео становится невольным свидетелем переговоров, где упоминается так же, его имя. После он встречает молодого человека по имени Морфеус, который кажется ему знакомым. Тот дает ему красную таблетку и убеждает принять ее.
После этого Нео вспоминает все, что с ним приключилось. Он с ужасом понимает, что его друг давно мертв, а в этой реальности существует только его молодая цифровая версия. Мужчине предстоит вернуть память своей любимой, которая его совершенно не помнит и снова стать на пути злодеев, решивших в который раз использовать человеческую энергию, заставляя людей погружаться в мир иллюзий. Удастся ли ему выжить в этот раз, не потеряв Тринити уже навсегда? Этот раз – последний, если они умрут, уничтожив Матрицу, то исчезнут навсегда.